RaspberryPiで新型コロナウイルスの解析

提供: ディーズガレージ wiki
2021年9月4日 (土) 17:07時点におけるShogooda (トーク | 投稿記録)による版 (動作環境)

移動先: 案内検索

新型コロナウイルスの解析プロジェクトに参加してみます。

Status Monitor COVID-19

Iot-monitor02.png

具合

COVID-19-01 Rosetta@home 3B+
COVID-19-02 Rosetta@home 3B
COVID-19-03 Rosetta@home 3B
COVID-19-04 World Community Grid 2B
COVID-19-05 World Community Grid 2B
COVID-19-06 World Community Grid Zero
COVID-19-07 World Community Grid Zero
COVID-19-08 Folding@home 4B ※故障
COVID-19-00 Netdata 2B

2021.09.04

Pi3B+でRosetta@homeを追加設定してみた
$ sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs.xml
(global_prefs_override.xmlと同じ設定を貼り付け)
$ sudo service boinc-client restart
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ update

環境

モデル Raspberry Pi 全種
OS Raspberry Pi OS Lite (32bit) 2020-08-20
Raspberry Pi OS Lite (arm64) 2020-08-20
ストレージ microSDHC 16GB CLASS10
発熱対策 ヒートシンク 40×40×25, ALPHA 45×45×50
銅サイコロ 20×20×20
熱伝導性両面テープ 0.6W/m・K 200x300
リモート操作 Windows10, SSH

下調べ

Folding@home
Folding@home - Wikipedia
Manual installation (advanced) - Folding@home
ワシントン大学

Rosetta@home
Rosetta@home - Wikipedia
Running Rosetta (COVID-19 workunits) on Raspberry Pi 3B+ ... - reddit.com
Raspberry Pi 3 Model BとRaspbian Buster LiteでRosetta@home - Pastebin.com
ワシントン大学

World Community Grid
World Community Grid - Wikipedia
Volunteer your Raspberry Pi to IBM's World Community Grid - Raspberry Pi
IBM

TN-Grid
TN-Grid
トレント大学

SiDock@home
SiDock@home
ロシア科学アカデミー

Forum

Folding@home https://foldingforum.org/
Rosetta@home https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_index.php
World Community Grid https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/index
TN-Grid https://gene.disi.unitn.it/test/forum_index.php
SiDock@home https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php

Applications

Folding@home https://foldingathome.org/alternative-downloads/
Rosetta@home https://boinc.bakerlab.org/rosetta/apps.php
World Community Grid https://www.worldcommunitygrid.org/help/viewTopic.do?shortName=minimumreq
TN-Grid https://gene.disi.unitn.it/test/apps.php
SiDock@home https://www.sidock.si/sidock/apps.php

Server Status

Folding@home -
Rosetta@home https://boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php
World Community Grid https://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewGlobal.do
TN-Grid https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php
SiDock@home https://www.sidock.si/sidock/server_status.php

統計 2021/03/20
Aggregate Teams Summary - Folding@Home Stats - EXTREME Overclocking

Users Computers
Folding@home 837,120 -
Rosetta@home 1,363,958 4,378,710
World Community Grid 798,111 6,856,536
TN-Grid 2,755 50,772
SiDock@home 2,194 8,443

Cross-project identification - BOINC
複数のプロジェクトを設定する場合、登録アカウントのメールアドレスを同じにしておくとプロジェクト横断の統計機能が使える
Free-DC
BOINC Combined Statistics
BOINCstats

ARM非対応
BOINC@TACC テキサス大学
GPUGRID ポンペウ・ファブラ大学
COVID-PHYM Ibercivis
Quarantine@Home Aleph-1 Foundation

クローン
Fold for Covid balena

メモ
AlphaFold
AutoDock Vina
新型コロナ 既存薬 スクリーニング - Google 検索

動作環境

Raspberry Pi - Wikipedia

プラットフォーム
Folding@home … FAH
Rosetta@home … BOINC
World Community Grid … BOINC
TN-Grid … BOINC
SiDock@home …

必要なCPU
Folding@home … ARMv8 (64bit)
Rosetta@home … ARMv8 (64bit)
World Community Grid … 制限無し
TN-Grid … 制限無し
SiDock@home …

必要なメモリ
Folding@home … 512MB~
Rosetta@home … 1000MB程度~ ※
World Community Grid … 250MB程度~
TN-Grid … 70MB程度~
SiDock@home …

※ Pi3モデルのログ

2021/**/** **:**:** | Rosetta@home | プロジェクト・サーバからのメッセージ: Rosetta needs 3337.86 MB RAM but only 959.81 MB is available for use.

安定動作させるにはPi4の4Gモデルだと思う 未確認

多分動くモデル

1A 1A+ 3A+ 1B 1B+ 2B 3B 3B+ 4B Zero
CPU ARMv 6 6 8 6 6 7,8 8 8 8 6
Folding@home
Rosetta@home
World Community Grid
TN-Grid
SiDock@home

: タイムアウトするかも

多分動くOS
Folding@home … Raspberry Pi OS Lite (arm64)
Rosetta@home … Raspberry Pi OS Lite (arm64) または (32bit) + 64bitカーネル設定
World Community Grid … 制限無し
TN-Grid … 制限無し
SiDock@home …

CPU温度の限界点
70°C~ … ソフト温度制限 (3A+, 3B+のみ, 最高設定)
80°C~ … サーマルスロットリング
85°C~ … CPU, GPU停止

リモート環境

Raspberry PiをSSHリモート操作環境にする

mDNS

Windows10使用
iTunes - Apple(日本)
ほかのバージョンをお探しですか? > Windows > ダウンロード
WinRARでiTunes64Setup.exeからBonjour64.msiを取り出し
インストール

SSHクライアント

Windows10 Tera Term使用
https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/utf8teraterm/
インストール

OSインストール

Raspberry Pi Imager

Raspberry Pi OS Lite (arm64) の場合イメージが無いのでダウンロード

Index of /raspios_lite_arm64/images

Raspberry Pi Imager > Use customでイメージを選択し焼き込み

ヘッドレスセットアップ
ヘッドレスセットアップ - Google 検索
ヘッドレスセットアップ A+ - Google 検索

rootディレクトリにssh空ファイル作成
電源ON
SSH接続

ホスト: raspberrypi.local
ユーザ名: pi
パスフレーズ: raspberry

確認

$ more /proc/device-tree/model | sed "s/$/\n/";getconf LONG_BIT | sed "s/^/os: /" | sed "s/$/bit/";arch | sed "s/^/kernel: /"

Raspberry Pi 3 Model B Plus Rev 1.3
os: 32bit
kernel: aarch64

64bitカーネル

Raspberry Pi OS Lite (32bit) + 64bitカーネル設定 の場合
ARMv8 (64bit)のみ設定可

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記

arm_64bit=1
gpu_mem=16

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

expand

$ sudo raspi-config
Advanced Options > Expand Filesystem > <Ok> > tab > <Finish> > reboot<Yes>

locale

$ sudo raspi-config
Localisation Options > Change Locale >
[*] en_GB.UTF-8 UTF-8
[*] ja_JP.UTF-8 UTF-8 > スペースキー
> tab > <Ok> > ja_JP.UTF-8 リターン > tab > <Finish>
$ sudo reboot

timezone

$ sudo raspi-config
Localisation Options > Change Time Zone > アジア > 東京 > tab > <Finish>
$ sudo reboot

hostname

$ sudo raspi-config
Network Options > Hostname > <了解>

変更

covid-19-01
tab > <了解> > tab > <Finish> > <はい>

SSH接続

ホスト: covid-19-01.local
ユーザ名: pi
パスフレーズ: raspberry

timesyncd

設定

$ sudo nano /etc/systemd/timesyncd.conf

修正

[Time]
NTP=ntp.nict.jp
#FallbackNTP=0.debian.pool.ntp.org 1.debian.pool.ntp.org 2.debian.pool.ntp.org 3.debian.pool.ntp.org
#RootDistanceMaxSec=5
#PollIntervalMinSec=32
#PollIntervalMaxSec=2048

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

起動

$ sudo timedatectl set-ntp true

確認

$ timedatectl status

upgrade

$ sudo apt update
$ sudo apt upgrade

zram

$ sudo nano /usr/bin/zram.sh

設定

#!/bin/bash
cores=$(nproc --all)
modprobe zram num_devices=$cores
swapoff -a
totalmem=`free | grep -e "^Mem:" | awk '{print $2}'`
mem=$(( ($totalmem * 2 / $cores)* 1024 ))
modprobe deflate
modprobe zlib
modprobe lz4hc_compress
core=0
while [ $core -lt $cores ]; do
  echo deflate > /sys/block/zram$core/comp_algorithm ||
   echo zlib > /sys/block/zram$core/comp_algorithm ||
   echo lz4hc > /sys/block/zram$core/comp_algorithm ||
   echo lz4 > /sys/block/zram$core/comp_algorithm
# not sure which one this kernel has
  echo $mem > /sys/block/zram$core/disksize
  mkswap /dev/zram$core
  swapon --discard -p 5 /dev/zram$core # reclaim memory better
  let core=core+1
done

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo chmod +x /usr/bin/zram.sh
$ sudo nano /etc/rc.local

末尾のexit 0手前に追記

/usr/bin/zram.sh &

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ zramctl

swap

$ sudo nano /etc/dphys-swapfile

変更

#CONF_SWAPSIZE=100
CONF_SWAPSIZE=2048

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo systemctl start dphys-swapfile
$ sudo systemctl enable dphys-swapfile
$ sudo reboot

確認

$ sudo swapon --show

サービスは動いてるけどswapが無い
確認

$ systemctl list-unit-files --type=service

rc.localで起動してみる
設定

$ sudo systemctl stop dphys-swapfile
$ sudo systemctl disable dphys-swapfile
$ sudo nano /etc/rc.local

zramの下に追記

/usr/bin/zram.sh &
systemctl start dphys-swapfile

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ sudo swapon --show

service

$ sudo systemctl stop rsyslog
$ sudo systemctl disable rsyslog
$ sudo systemctl stop hciuart bluetooth
$ sudo systemctl disable hciuart bluetooth

journald

$ sudo nano /etc/systemd/journald.conf

末尾に追記

Storage=none

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

overclocking

documentation/overclocking.md at master · raspberrypi/documentation · GitHub

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記
Zero のみ (変化ない?)

arm_freq = 1100
over_voltage = 8
sdram_freq = 500
sdram_over_voltage = 2
force_turbo = 1
boot_delay = 1

1B+ のみ

arm_freq=1000
core_freq=500
sdram_freq=600
over_voltage=6

2B のみ

arm_freq=1000
core_freq=500
sdram_freq=500
over_voltage=2

3B のみ

arm_freq=1350
core_freq=500
over_voltage=4

3B+ のみ

temp_soft_limit=70

4B のみ

over_voltage=2
arm_freq=1750

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd get_config arm_freq

Folding@home

FAHClient

Passkey - Folding@home

Username: GGGGGG
Passkey: FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
Passkeyメールが届く

インストール
Alternative Downloads - Folding@home

$ wget https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahclient/debian-stable-arm64/v7.6/fahclient_7.6.21_arm64.deb
$ sudo dpkg -i fahclient_7.6.21_arm64.deb

fahclientを設定しています
Folding@home User Name: Anonymous <tab> <OK>
Folding@home Team Number: 0 <tab> <OK>
Folding@home Passkey: FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF <tab> <OK>
light or medium or full: full <リターン>
Should FAHClient be automatically started?: <OK>


設定

$ sudo nano /etc/fahclient/config.xml


設定
192.168.1.0/24 はプライベートIPアドレス

<config>
  <!-- Client Control -->
  <fold-anon v='true'/>

  <!-- Folding Slot Configuration -->
  <cause v='COVID_19'/>
  <gpu v='false'/>

  <!-- HTTP Server -->
  <allow v='127.0.0.1 192.168.1.0/24'/>

  <!-- Network -->
  <proxy v=':8080'/>

  <!-- Remote Command Server -->
  <command-allow-no-pass v='127.0.0.1 192.168.1.0/24'/>

  <!-- Slot Control -->
  <power v='full'/>

  <!-- User Information -->
  <passkey v='FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF'/>

  <!-- Web Server -->
  <web-allow v='127.0.0.1 192.168.1.0/24'/>

  <!-- Folding Slots -->
  <slot id='0' type='CPU'/>
</config>

再起動

$ sudo reboot

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

FAHControl

Alternative Downloads - Folding@home
Windows10使用
スタートメニュー > Folding@home > FAHControl

FAHControl covid-19.jpg

FAHControl > 左下: Clients +Add > Connection
設定

Name: COVID-19
Hostname or IP: covid-19-01.local
Port: 36330

WEB CONTROL
http://covid-19-01.local:7396

FAHClient covid-19.jpg

Rosetta@home

インストール

$ sudo apt install boinc-client boinctui
$ sudo nano /var/lib/boinc-client/cc_config.xml

設定

<cc_config>
  <log_flags>
    <task>1</task>
    <file_xfer>1</file_xfer>
    <sched_ops>1</sched_ops>
  </log_flags>
  <options>
    <alt_platform>aarch64-unknown-linux-gnu</alt_platform>
    <allow_remote_gui_rpc>1</allow_remote_gui_rpc>
  </options>
</cc_config>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs_override.xml

設定

<!--
This configuration file global_prefs_override.xml for the BOINC core client
can be used to override global preferences locally. For a complete list of
all preferences which can be overridden see:
http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/PrefsOverride
-->
<global_preferences>
   <run_on_batteries>1</run_on_batteries>
   <run_if_user_active>1</run_if_user_active>
   <run_gpu_if_user_active>1</run_gpu_if_user_active>
   <suspend_cpu_usage>0.000000</suspend_cpu_usage>
   <start_hour>0.000000</start_hour>
   <end_hour>0.000000</end_hour>
   <net_start_hour>0.000000</net_start_hour>
   <net_end_hour>0.000000</net_end_hour>
   <leave_apps_in_memory>0</leave_apps_in_memory>
   <confirm_before_connecting>0</confirm_before_connecting>
   <hangup_if_dialed>0</hangup_if_dialed>
   <dont_verify_images>0</dont_verify_images>
   <work_buf_min_days>2.000000</work_buf_min_days>
   <work_buf_additional_days>0.200000</work_buf_additional_days>
   <max_ncpus_pct>75.000000</max_ncpus_pct>
   <cpu_scheduling_period_minutes>60.000000</cpu_scheduling_period_minutes>
   <disk_interval>300.000000</disk_interval>
   <disk_max_used_gb>0.000000</disk_max_used_gb>
   <disk_max_used_pct>100.000000</disk_max_used_pct>
   <disk_min_free_gb>0.000000</disk_min_free_gb>
   <vm_max_used_pct>90.000000</vm_max_used_pct>
   <ram_max_used_busy_pct>200.000000</ram_max_used_busy_pct>
   <ram_max_used_idle_pct>200.000000</ram_max_used_idle_pct>
   <max_bytes_sec_up>0.000000</max_bytes_sec_up>
   <max_bytes_sec_down>0.000000</max_bytes_sec_down>
   <cpu_usage_limit>100.000000</cpu_usage_limit>
   <daily_xfer_limit_mb>0.000000</daily_xfer_limit_mb>
   <daily_xfer_period_days>0</daily_xfer_period_days>
</global_preferences>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /etc/boinc-client/gui_rpc_auth.cfg

適当なパスワードを平文で書く AAAAAAAAA
保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

アカウント
Rosetta@home
Join Rosetta@home > Sign Up > アカウントを作成する

名前: GGGGGG
Eメール: BBB@BBB.BBB
パスワード: CCCCCCCCC

アカウント・キーの確認
アカウント・キー

アカウント・キー: DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

設定

$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project_attach https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

$ boinctui
host 127.0.0.1
port 31416
pwd AAAAAAAAA

Rosettahome covid-19.jpg

boinctuiメモ

Projects > Rosetta@home >
Update project: プロジェクトの更新
Suspend project: プロジェクトの一時停止
Resume project: プロジェクトの再開
No new tasks: 新しいタスクの取得中止
Allow new tasks: 新しいタスクの取得許可
Reset project: 現在のタスクの削除とプロジェクトの更新
Detach project: プロジェクトのデタッチ
Task >
Suspend task: タスクの一時停止
Resume task: タスクの再開
Abort task: タスクの完全停止

Boinccmd メモ

再読み込み 構成ファイル
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_cc_config
再読み込み グローバル設定
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_global_prefs_override
プロジェクトを更新
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ update
プロジェクトを停止
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ suspend
プロジェクトを再開
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ resume

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

World Community Grid

インストール

$ sudo apt install boinc-client boinctui
$ sudo nano /var/lib/boinc-client/cc_config.xml

設定

<cc_config>
  <log_flags>
    <task>1</task>
    <file_xfer>1</file_xfer>
    <sched_ops>1</sched_ops>
  </log_flags>
  <options>
    <alt_platform>arm-unknown-linux-gnueabihf</alt_platform>
    <allow_remote_gui_rpc>1</allow_remote_gui_rpc>
  </options>
</cc_config>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs_override.xml

設定

<!--
This configuration file global_prefs_override.xml for the BOINC core client
can be used to override global preferences locally. For a complete list of
all preferences which can be overridden see:
http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/PrefsOverride
-->
<global_preferences>
   <run_on_batteries>1</run_on_batteries>
   <run_if_user_active>1</run_if_user_active>
   <run_gpu_if_user_active>1</run_gpu_if_user_active>
   <suspend_cpu_usage>0.000000</suspend_cpu_usage>
   <start_hour>0.000000</start_hour>
   <end_hour>0.000000</end_hour>
   <net_start_hour>0.000000</net_start_hour>
   <net_end_hour>0.000000</net_end_hour>
   <leave_apps_in_memory>0</leave_apps_in_memory>
   <confirm_before_connecting>0</confirm_before_connecting>
   <hangup_if_dialed>0</hangup_if_dialed>
   <dont_verify_images>0</dont_verify_images>
   <work_buf_min_days>2.000000</work_buf_min_days>
   <work_buf_additional_days>0.200000</work_buf_additional_days>
   <max_ncpus_pct>75.000000</max_ncpus_pct>
   <cpu_scheduling_period_minutes>60.000000</cpu_scheduling_period_minutes>
   <disk_interval>300.000000</disk_interval>
   <disk_max_used_gb>0.000000</disk_max_used_gb>
   <disk_max_used_pct>100.000000</disk_max_used_pct>
   <disk_min_free_gb>0.000000</disk_min_free_gb>
   <vm_max_used_pct>90.000000</vm_max_used_pct>
   <ram_max_used_busy_pct>100.000000</ram_max_used_busy_pct>
   <ram_max_used_idle_pct>100.000000</ram_max_used_idle_pct>
   <max_bytes_sec_up>0.000000</max_bytes_sec_up>
   <max_bytes_sec_down>0.000000</max_bytes_sec_down>
   <cpu_usage_limit>100.000000</cpu_usage_limit>
   <daily_xfer_limit_mb>0.000000</daily_xfer_limit_mb>
   <daily_xfer_period_days>0</daily_xfer_period_days>
</global_preferences>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /etc/boinc-client/gui_rpc_auth.cfg

適当なパスワードを平文で書く AAAAAAAAA
保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

アカウント
World Community Grid - ホーム

いますぐ参加 > サインアップ
電子メールアドレス: BBB@BBB.BBB
パスワード: CCCCCCCCC
プロジェクトを選択します > OpenPandemics-COVID-19
以降適当に
確認メールが届く

アカウント・キーの確認
World Community Grid - マイ・プロファイル

アカウント・キー: EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE

設定

$ boinccmd --passwd AAAAAAAA --project_attach http://www.worldcommunitygrid.org EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

$ boinctui
host 127.0.0.1
port 31416
pwd AAAAAAAAA

Wcg covid-19.jpg

boinctuiメモ

Projects > World Community Grid >
Update project: プロジェクトの更新
Suspend project: プロジェクトの一時停止
Resume project: プロジェクトの再開
No new tasks: 新しいタスクの取得中止
Allow new tasks: 新しいタスクの取得許可
Reset project: 現在のタスクの削除とプロジェクトの更新
Detach project: プロジェクトのデタッチ
Task >
Suspend task: タスクの一時停止
Resume task: タスクの再開
Abort task: タスクの完全停止

Boinccmd メモ

再読み込み 構成ファイル
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_cc_config
再読み込み グローバル設定
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_global_prefs_override
プロジェクトを更新
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://www.worldcommunitygrid.org update
プロジェクトを停止
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://www.worldcommunitygrid.org suspend
プロジェクトを再開
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://www.worldcommunitygrid.org resume

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

TN-Grid

インストール

$ sudo apt install boinc-client boinctui
$ sudo nano /var/lib/boinc-client/cc_config.xml

設定

<cc_config>
  <log_flags>
    <task>1</task>
    <file_xfer>1</file_xfer>
    <sched_ops>1</sched_ops>
  </log_flags>
  <options>
    <alt_platform>arm-unknown-linux-gnueabihf</alt_platform>
    <allow_remote_gui_rpc>1</allow_remote_gui_rpc>
  </options>
</cc_config>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs_override.xml

設定

<!--
This configuration file global_prefs_override.xml for the BOINC core client
can be used to override global preferences locally. For a complete list of
all preferences which can be overridden see:
http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/PrefsOverride
-->
<global_preferences>
   <run_on_batteries>1</run_on_batteries>
   <run_if_user_active>1</run_if_user_active>
   <run_gpu_if_user_active>1</run_gpu_if_user_active>
   <suspend_cpu_usage>0.000000</suspend_cpu_usage>
   <start_hour>0.000000</start_hour>
   <end_hour>0.000000</end_hour>
   <net_start_hour>0.000000</net_start_hour>
   <net_end_hour>0.000000</net_end_hour>
   <leave_apps_in_memory>0</leave_apps_in_memory>
   <confirm_before_connecting>0</confirm_before_connecting>
   <hangup_if_dialed>0</hangup_if_dialed>
   <dont_verify_images>0</dont_verify_images>
   <work_buf_min_days>2.000000</work_buf_min_days>
   <work_buf_additional_days>0.200000</work_buf_additional_days>
   <max_ncpus_pct>75.000000</max_ncpus_pct>
   <cpu_scheduling_period_minutes>60.000000</cpu_scheduling_period_minutes>
   <disk_interval>300.000000</disk_interval>
   <disk_max_used_gb>0.000000</disk_max_used_gb>
   <disk_max_used_pct>100.000000</disk_max_used_pct>
   <disk_min_free_gb>0.000000</disk_min_free_gb>
   <vm_max_used_pct>90.000000</vm_max_used_pct>
   <ram_max_used_busy_pct>100.000000</ram_max_used_busy_pct>
   <ram_max_used_idle_pct>100.000000</ram_max_used_idle_pct>
   <max_bytes_sec_up>0.000000</max_bytes_sec_up>
   <max_bytes_sec_down>0.000000</max_bytes_sec_down>
   <cpu_usage_limit>100.000000</cpu_usage_limit>
   <daily_xfer_limit_mb>0.000000</daily_xfer_limit_mb>
   <daily_xfer_period_days>0</daily_xfer_period_days>
</global_preferences>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /etc/boinc-client/gui_rpc_auth.cfg

適当なパスワードを平文で書く AAAAAAAAA
保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

アカウント
新しいアカウントを作成

Invitation Code: science@tn
名前: GGGGGG
Eメール: BBB@BBB.BBB
パスワード: CCCCCCCCC

アカウント・キーの確認
アカウント・キー

アカウント・キー: HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

設定

$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project_attach http://gene.disi.unitn.it/test/ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

$ boinctui
host 127.0.0.1
port 31416
pwd AAAAAAAAA

boinctuiメモ

Projects > TN-Grid Platform >
Update project: プロジェクトの更新
Suspend project: プロジェクトの一時停止
Resume project: プロジェクトの再開
No new tasks: 新しいタスクの取得中止
Allow new tasks: 新しいタスクの取得許可
Reset project: 現在のタスクの削除とプロジェクトの更新
Detach project: プロジェクトのデタッチ
Task >
Suspend task: タスクの一時停止
Resume task: タスクの再開
Abort task: タスクの完全停止

Boinccmd メモ

再読み込み 構成ファイル
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_cc_config
再読み込み グローバル設定
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_global_prefs_override
プロジェクトを更新
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://gene.disi.unitn.it/test/ update
プロジェクトを停止
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://gene.disi.unitn.it/test/ suspend
プロジェクトを再開
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://gene.disi.unitn.it/test/ resume

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

SiDock@home

Boinc

BOINCプラットフォームのみ

Boinc Manager

Install BOINC
Windows10使用

Boinc manager covid-19.jpg

設定

ファイル > コンピュータの選択
計算機名(ホスト名): covid-19-01
パスワード: AAAAAAAAA

リンク修正
BOINC Managerを終了
BOINC Managerのアイコンを右クリック > プロパティ
リンク先: "C:\Program Files\BOINC\boincmgr.exe" -n covid-19-01 -p AAAAAAAAA
BOINC Managerを起動

チームに参加
Rosetta@home
rosetta@raspberrypi.linux.5ch
チームのランキング - Rosetta@home

スクリーンセーバー 停止
スクリーンセーバー 設定 - Google 検索

BoincView

BOINC add-on software
BoincView
Windows10使用

BoincView.jpg

設定
ダウンロード解凍し、C:\Program Files (x86)に配置、起動
登録 > +アイコン

Name: COVID-19-01
Get data via network acess: ✔
Hostname: covid-19-01 31416
BOINC password: AAAAAAAAA
Apply

BoincTasks

BOINC add-on software
BoincTasks
Windows10使用

Boinc tasks.jpg

設定
計算機tab選択 > メニューの計算機 > 計算機を追加

計算機: COVID-19-01
IPアドレス: covid-19-01.local
ポート: 31416
パスワード: AAAAAAAAA

延命化

fstab

$ sudo nano /etc/fstab

末尾に追記

tmpfs    /tmp                              tmpfs    defaults,noatime,nodiratime,mode=1777  0       0

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ df -h

folder2ram

GitHub - bobafetthotmail/folder2ram

$ sudo wget -O /sbin/folder2ram https://raw.githubusercontent.com/bobafetthotmail/folder2ram/master/debian_package/sbin/folder2ram
$ sudo chmod +x /sbin/folder2ram
$ sudo folder2ram -configure
リターン
$ sudo nano /etc/folder2ram/folder2ram.conf

末尾に追記
boinc-client/slots BOINCプラットフォームのみ

tmpfs		/var/log
tmpfs		/var/tmp
tmpfs		/var/spool
tmpfs		/var/lib/boinc-client/slots

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo folder2ram -mountall
$ sudo folder2ram -enablesystemd
$ sudo reboot

確認

$ df -h

省電力化

HDMI

$ sudo nano /etc/rc.local

末尾のexit 0手前に追記

tvservice --off

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

Bluetooth

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記

dtoverlay=disable-bt

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

Wi-Fi

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記

dtoverlay=disable-wifi

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

USB

GitHub - mvp/uhubctl
Raspberry Pi turns power off on all ports, not just the one I specified
4Bのみ

$ sudo rpi-eeprom-update

全種

$ sudo apt install libusb-1.0-0-dev git
$ cd ~
$ git clone https://github.com/mvp/uhubctl
$ cd uhubctl
$ make
$ sudo make install
$ sudo nano /etc/rc.local

末尾のexit 0手前に追記

1B+, 2B, 3B, 3B+ のみ

uhubctl -l 1-1 -p 2 -a 0

4B のみ

uhubctl -l 1-1 -a 0

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

LED消灯

firmware/README at master · raspberrypi/firmware · GitHub
ファームウェア更新

$ sudo rpi-update
$ sudo reboot

設定

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記

4Bのみ

dtoverlay=act-led
dtparam=act_led_trigger=none
dtparam=act_led_activelow=off
dtparam=pwr_led_trigger=none
dtparam=pwr_led_activelow=off
dtparam=eth_led0=4
dtparam=eth_led1=4

3B+のみ

dtoverlay=act-led
dtparam=act_led_trigger=none
dtparam=act_led_activelow=off
dtparam=pwr_led_trigger=none
dtparam=pwr_led_activelow=off
dtparam=eth_led0=14
dtparam=eth_led1=14

3Bのみ

設定ない?

3A+のみ

dtoverlay=act-led
dtparam=act_led_trigger=none
dtparam=act_led_activelow=off
dtparam=pwr_led_trigger=none
dtparam=pwr_led_activelow=off

2B, 1B+, 1B, 1A+, 1Aのみ

dtparam=act_led_trigger=none
dtparam=act_led_activelow=off
dtparam=pwr_led_trigger=none
dtparam=pwr_led_activelow=off

Zeroのみ

dtparam=act_led_trigger=none
dtparam=act_led_activelow=on

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

CPU使用率制限

インストール

$ sudo apt install cpulimit
$ cpulimit -h

確認 Rosetta@home

$ ps -eo cmd
 CMD
 ../../projects/boinc.bakerlab.org_rosetta/rosetta_4.20_aarch64-unknown-linux-gnu ....

テスト

$ sudo cpulimit -e rosetta_4.20_aarch64-unknown-linux-gnu -l 65

終了: Ctrl + c

確認 World Community Grid

$ ps -eo cmd
CMD
../../projects/www.worldcommunitygrid.org/wcgrid_opn1_autodock_7.17_arm-unknown-linux-gnueabihf ....

テスト

$ sudo cpulimit -e wcgrid_opn1_autodock_7.17_arm-unknown-linux-gnueabihf -l 65

終了: Ctrl + c

確認 TN-Grid

$ ps -eo cmd
CMD
../../projects/gene.disi.unitn.it_test/gene_pcim_v1.10_armv6zk_vfp ....

テスト

$ sudo cpulimit -e gene_pcim_v1.10_armv6zk_vfp -l 65

終了: Ctrl + c

確認 SiDock@home

設定

$ sudo nano /etc/rc.local

末尾のexit 0手前に追記

cpulimit -e rosetta_4.20_aarch64-unknown-linux-gnu -l 65 -b
cpulimit -e wcgrid_opn1_autodock_7.17_arm-unknown-linux-gnueabihf -l 65 -b
cpulimit -e gene_pcim_v1.10_armv6zk_vfp -l 65 -b

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

SMTPクライアント

msmtp - ArchWiki

Gmailの二段階認証を設定
アプリパスワードを発行

インストール

$ sudo apt install msmtp msmtp-mta

設定

$ sudo nano /etc/msmtprc

XOAUTH2

# Set default values for all following accounts.
defaults
tls            on
tls_starttls   on
tls_certcheck  off
auth plain
logfile        ~/.msmtp.log

# Gmail
account        gmail
host           smtp.gmail.com
port           587
from           *****@gmail.com
user           *****
password       アプリパスワード

# Set a default account
account default : gmail

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

変更

$ sudo chmod 0644 /etc/msmtprc

送信テスト

$ echo "Subject: test" | sendmail -v *****@gmail.com

ログ

$ sudo nano ~/.msmtp.log

終了: Ctrl + x

自動アップデート

インストール

$ sudo apt install unattended-upgrades

設定

$ sudo nano /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades

修正
セキュリティーアップデート

Unattended-Upgrade::Origins-Pattern {
        // Codename based matching:
        // This will follow the migration of a release through different
        // archives (e.g. from testing to stable and later oldstable).
        // Software will be the latest available for the named release,
        // but the Debian release itself will not be automatically upgraded.
//      "origin=Debian,codename=${distro_codename}-updates";
//      "origin=Debian,codename=${distro_codename}-proposed-updates";
        "origin=Debian,codename=${distro_codename},label=Debian";
        "origin=Debian,codename=${distro_codename},label=Debian-Security";
        "origin=Raspbian,codename=${distro_codename},label=Raspbian";
        "origin=Raspberry Pi Foundation,codename=${distro_codename},label=Raspberry Pi Foundation";

        // Archive or Suite based matching:
        // Note that this will silently match a different release after
        // migration to the specified archive (e.g. testing becomes the
        // new stable).
//      "o=Debian,a=stable";
//      "o=Debian,a=stable-updates";
//      "o=Debian,a=proposed-updates";
//      "o=Debian Backports,a=${distro_codename}-backports,l=Debian Backports";
};

メール通知

//Unattended-Upgrade::Mail "";
Unattended-Upgrade::Mail "*****@gmail.com";
//Unattended-Upgrade::MailOnlyOnError "false";
Unattended-Upgrade::MailOnlyOnError "true";

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

動作確認

$ sudo unattended-upgrade -d -v --dry-run

有効化

$ sudo dpkg-reconfigure -plow unattended-upgrades

<はい> > リターン

ログ

$ tail /var/log/unattended-upgrades/unattended-upgrades.log

Netdata

インストール

Get Netdata | Learn Netdata
Install Netdata with kickstart.sh · Netdata Agent | Learn Netdata

複数台の場合、Parent(親機), Child(子機)に設定
1台の場合、Parent(親機)に設定

$ bash <(curl -Ss https://my-netdata.io/kickstart.sh) --auto-update --stable-channel --disable-cloud --disable-telemetry

再インストール
Reinstall the Netdata Agent · Netdata Agent | Learn Netdata

$ bash <(curl -Ss https://my-netdata.io/kickstart.sh) --auto-update --stable-channel --disable-cloud --disable-telemetry --reinstall

ワンライナー
netdata/netdata-installer.sh at master · netdata/netdata · GitHub

設定

$ sudo /etc/netdata/edit-config netdata.conf
[global]
           history = 600
           memory mode = ram
           debug log = none
           error log = none
           access log = none
[web]
           enable gzip compression = no
[plugins]
           cgroups = no
           tc = no
           idlejitter = no

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

温度センサー

$ sudo /etc/netdata/edit-config charts.d.conf

末尾に追記

sensors=force

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

fstab

$ sudo nano /etc/fstab

末尾に追記

tmpfs    /var/lib/netdata                  tmpfs    defaults,noatime,nodiratime,mode=1777  0       0

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ df -h

Streaming

Streaming and replication | Learn Netdata

複数台をParent(親機)で管理する場合
Parent(親機)

$ sudo /etc/netdata/edit-config stream.conf

設定

# [API_KEY] is [YOUR-API-KEY], i.e [11111111-2222-3333-4444-555555555555]
[11111111-2222-3333-4444-555555555555]
  enabled = yes
  allow from = *
  default history = 3600
  default memory mode = ram
  health enabled by default = auto

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

Child(子機)
ヘッドレスコレクター

$ sudo /etc/netdata/edit-config stream.conf

設定

[stream]
    enabled = yes
    destination = covid-19-01.local:19999
    api key = 11111111-2222-3333-4444-555555555555

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo /etc/netdata/edit-config netdata.conf

設定

[global]
          history = 600
          memory mode = none
          debug log = none
          error log = none
          access log = none
[web]
          mode = none
          accept a streaming request every seconds = 0
          enable gzip compression = no
[plugins]
          cgroups = no
          tc = no
          idlejitter = no
[health]
          enabled = no

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

Modules

BOINC

BOINC monitoring with Netdata | Learn Netdata

Parent(親機), Child(子機)に設定
BOINCプラットフォームのみ

$ cd /etc/netdata
$ sudo ./edit-config python.d/boinc.conf

末尾に追記
実機のhostname

remote:
  hostname: covid-19-03
  password: AAAAAAAAA

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo service netdata restart

vcgencmd

RPI vcgencmd usage - eLinux.org
python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

グループvideoに追加

$ sudo adduser netdata video
$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd get_throttled
0x0 正常
0x50005 現在 低電圧
0x80008 現在 熱によりクロックダウン
0x50000 過去 低電圧状態になったが現在は正常
0x80000 過去 熱によりクロックダウンし現在は正常

Raspberry Pi Documentation
Monitoring Raspberry Pi Power and Thermal Issues

0 現在 低電圧
1 現在 クロックダウン
2 現在 スロットリング
3 現在 ソフト温度制限
16 過去 低電圧 (現在正常)
17 過去 周波数制限 (現在正常)
18 過去 スロットリング (現在正常)
19 過去 ソフト温度制限 (現在正常)

メモ

measure_clock [clock]
$ vcgencmd measure_clock arm;vcgencmd measure_clock core;vcgencmd measure_clock H264;vcgencmd measure_clock isp;vcgencmd measure_clock v3d;vcgencmd measure_clock uart;vcgencmd measure_clock pwm;vcgencmd measure_clock emmc;vcgencmd measure_clock pixel;vcgencmd measure_clock vec;vcgencmd measure_clock hdmi;vcgencmd measure_clock dpi
measure_volts [block]
$ vcgencmd measure_volts core;vcgencmd measure_volts sdram_c;vcgencmd measure_volts sdram_i;vcgencmd measure_volts sdram_p
otp_dump
$ vcgencmd otp_dump
get_mem type
$ vcgencmd get_mem arm;vcgencmd get_mem gpu;cat /proc/meminfo
codec_enabled [type]
$ vcgencmd codec_enabled AGIF;vcgencmd codec_enabled FLAC;vcgencmd codec_enabled H263;vcgencmd codec_enabled H264;vcgencmd codec_enabled MJPA;vcgencmd codec_enabled MJPB;vcgencmd codec_enabled MJPG;vcgencmd codec_enabled MPG2;vcgencmd codec_enabled MPG4;vcgencmd codec_enabled MVC0;vcgencmd codec_enabled PCM;vcgencmd codec_enabled THRA;vcgencmd codec_enabled VORB;vcgencmd codec_enabled VP6;vcgencmd codec_enabled VP8;vcgencmd codec_enabled WMV9;vcgencmd codec_enabled WVC1
read_ring_osc
$ vcgencmd read_ring_osc
display_power [0 | 1 | -1] [display]
$ vcgencmd display_power

設定

$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/vcgencmd.chart.py
# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

ORDER = ["under-voltage", "arm-frequency", "throttling", "soft-temperature-limit"]

CHARTS = {
    "under-voltage": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Under-voltage detected",
            "",
            "under-voltage",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["under-voltage"]],
    },
    "arm-frequency": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Arm frequency capped",
            "",
            "arm-frequency",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["arm-frequency"]],
    },
    "throttling": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Currently throttled",
            "",
            "throttling",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["throttling"]],
    },
    "soft-temperature-limit": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Soft temperature limit active",
            "",
            "soft-temperature-limit",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["soft-temperature-limit"]],
    },
}

VCGENCMD_COMMAND = "vcgencmd get_throttled"


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = VCGENCMD_COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            throttled_binary = bin(int(raw[0].split("=")[1], 0))
            if throttled_binary == "0b0":
                throttled_binary = "0b0000000000000000000"
            return {
                "under-voltage": throttled_binary[-1],
                "arm-frequency": throttled_binary[-2],
                "throttling": throttled_binary[-3],
                "soft-temperature-limit": throttled_binary[-4],
            }
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/vcgencmd.conf

設定

types:
  - under-voltage
  - arm-frequency
  - throttling
  - soft-temperature-limit

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin vcgencmd debug trace nolock

Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

vcgencmd: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

throttling

RPI vcgencmd usage - eLinux.org
Frequency management and thermal control - Raspberry Pi Documentation
python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

※vcgencmdと内容が重複してる

グループvideoに追加

$ sudo adduser netdata video
$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd get_throttled
throttled=0x0
0x0 正常
0x50000 過去 低電圧状態になったが現在は正常
0x50005 現在 低電圧状態
0x80000 過去 熱によりクロックダウン
0x80008 現在 熱によりクロックダウン

0x50005を{"voltage": 1}
0x80008を{"voltage": 2}
その他を{"voltage": 0}に振り分けてみる

$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/throttle.chart.py

設定

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

VCGENCMD_COMMAND = "vcgencmd get_throttled"

ORDER = ["throttle"]

CHARTS = {
    "throttle": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "CPU throttling or under-voltage",
            "",
            "voltage",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["voltage", "throttle", "absolute", 1]],
    }
}


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = VCGENCMD_COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            str = raw[0].split("=")[1].replace("\n", "")
            if str == "0x50005":
                return {"voltage": 1}
            elif str == "0x80008":
                return {"voltage": 2}
            else:
                return {"voltage": 0}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/throttle.conf

設定

types:
  - throttle

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin throttle debug trace
Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

throttle: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

core-voltage

RPI vcgencmd usage - eLinux.org
python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

グループvideoに追加

$ sudo adduser netdata video
$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd measure_volts
volt=1.2000V
$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/volts.chart.py

設定

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

VCGENCMD_COMMAND = "vcgencmd measure_volts"

ORDER = ["volts"]

CHARTS = {
    "volts": {
        "options": [
            "vcgencmd measure_volts",
            "Core voltage",
            "",
            "volt",
            "volts",
            "line",
        ],
        "lines": [["voltage", "volt", "absolute", 1]],
    }
}


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = VCGENCMD_COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            str = raw[0].split("=")[1].replace("V\n", "")
            str_float = float(str) * 1000
            return {"voltage": str_float}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/volts.conf

設定

types:
  - core-voltage

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin volts debug trace
Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

volts: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

freqmode

python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

インストール

$ sudo apt install cpufrequtils

確認

$ cpufreq-info -p
600000 1200000 performance

こんな感じにしてみる

cpufreq value
powersave 0
conservative 1
ondemand 2
performance 3
$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/freqmode.chart.py

設定

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

COMMAND = "cpufreq-info -p"

ORDER = ["FreqMode"]

CHARTS = {
    "FreqMode": {
        "options": [None, "FreqMode", "", "FreqMode", "FreqMode", "line"],
        "lines": [["freqmode", "FreqMode", "absolute", 1]],
    }
}


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            str = raw[0].split(" ")[2].replace("\n", "")
            if str == "powersave":
                return {"freqmode": 0}
            elif str == "conservative":
                return {"freqmode": 1}
            elif str == "ondemand":
                return {"freqmode": 2}
            elif str == "performance":
                return {"freqmode": 3}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/freqmode.conf

設定

types:
  - freqmode

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin freqmode debug trace
Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

freqmode: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

reboot-required

unattended-upgradesの再起動要求を監視

Parent(親機), Child(子機)に設定

確認
reboot-requiredのファイルがある場合、再起動が必要

$ test -e /var/run/reboot-required; echo $?

0: 再起動必要
1: 再起動必要ない

設定

$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/reboot_required.chart.py

0と1逆にしておく

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

ORDER = ["reboot-required"]

CHARTS = {
    "reboot-required": {
        "options": [None, "Reboot Required", "bool", "", "reboot.required", "line"],
        "lines": [["reboot-required"]],
    }
}

COMMAND = "test -e /var/run/reboot-required"


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            if raw == "0":
                return {"reboot-required": 1}
            else:
                return {"reboot-required": 0}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/reboot_required.conf

設定

update_every: 15
priority: 60000
retries: 60

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin reboot_required debug trace nolock

Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

reboot_required: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

Alarms

Health quickstart | Learn Netdata
Health configuration reference · Netdata Agent | Learn Netdata

調整

Parent(親機)に設定

swap.conf 停止
ram.conf しきい値調整

$ cd /etc/netdata/
$ sudo ./edit-config health.d/swap.conf

設定

#      to: sysadmin
       to: silent

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ cd /etc/netdata/
$ sudo ./edit-config health.d/ram.conf

変更

   alarm: ram_available
      on: mem.available
      os: linux
   hosts: *
    calc: ($avail + $system.ram.used_ram_to_ignore) * 100 / ($system.ram.used + $syste$
   units: %
   every: 10s
#   warn: $this < (($status >= $WARNING)  ? (15) : (10))
#   crit: $this < (($status == $CRITICAL) ? (10) : ( 5))
    warn: $this < (($status >= $WARNING)  ? ( 7.5) : ( 5))
    crit: $this < (($status == $CRITICAL) ? ( 5) : ( 2.5))
   delay: down 15m multiplier 1.5 max 1h
    info: estimated amount of RAM available for userspace processes, without causing s$
      to: sysadmin

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

リロード

$ sudo netdatacli reload-health

オーバーヒート

Parent(親機)に設定

sensors=forceの温度使用
70度でwarning
80度でcritical

$ cd /etc/netdata/
$ sudo ./edit-config health.d/temperature.conf

設定

template: thermal_temperature
on: sensors.temp
os: linux
lookup: average -1m max
units: celsius
every: 10s
warn: $this > 70
crit: $this > 80
info: Thermal Temperature
to: sysadmin

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

リロード

$ sudo netdatacli reload-health

再起動要求

Parent(親機)に設定

reboot_required.chart.py使用
1でcritical = 再起動要求

$ cd /etc/netdata/
$ sudo touch health.d/reboot_required.conf
$ sudo ./edit-config health.d/reboot_required.conf

設定

template: reboot_required
on: reboot.required
os: linux
lookup: average -15s max
units: bool
every: 15s
crit: $this > 0.5
info: Reboot Required
to: sysadmin

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

リロード

$ sudo netdatacli reload-health

Email

Email | Learn Netdata

Parent(親機)に設定

$ sudo /etc/netdata/edit-config health_alarm_notify.conf

設定
criticalのみ

sendmail="/usr/bin/msmtp"
SEND_EMAIL="YES"
EMAIL_PLAINTEXT_ONLY="YES"
DEFAULT_RECIPIENT_EMAIL="*****@gmail.com|critical"

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

確認

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/alarm-notify.sh test [ROLE]

終了: Ctrl + d

負荷テスト

インストール

$ sudo apt install stress
$ stress --help

実行 10分間

$ sudo stress -c 4 -i 4 -m 4 -d 1 -t 10m

自動復旧

M/Monit/Installation | Wiki

Pi OS (32bit)

https://mmonit.com/monit/dist/binary/
インストール

$ cd ~
$ wget https://mmonit.com/monit/dist/binary/5.27.2/monit-5.27.2-linux-arm32.tar.gz
$ tar zxvf monit-5.27.2-linux-arm32.tar.gz
$ cd monit-5.27.2
$ sudo cp bin/monit /usr/local/sbin/
$ sudo cp conf/monitrc /etc/

確認

$ sudo /usr/local/sbin/monit -t
  Control file syntax OK
$ sudo /usr/local/sbin/monit -c /etc/monitrc
  Starting Monit 5.27.2 daemon with http interface at [localhost]:2812
$ curl http://admin:monit@localhost:2812/_status?format=json

自動起動

$ sudo nano /lib/systemd/system/monit.service

設定

[Unit]
Description=Pro-active monitoring utility for unix systems
After=network-online.target
Documentation=man:monit(1) https://mmonit.com/wiki/Monit/HowTo 

[Service]
Type=simple
KillMode=process
ExecStart=/usr/local/sbin/monit -I
ExecStop=/usr/local/sbin/monit quit
ExecReload=/usr/local/sbin/monit reload
Restart = on-abnormal
StandardOutput=null

[Install]
WantedBy=multi-user.target

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x
起動

$ sudo systemctl enable monit.service
$ sudo systemctl start monit.service
$ sudo systemctl status monit.service

Pi OS (arm64)

https://mmonit.com/monit/dist/
インストール

$ sudo apt install libssl-dev libpam0g-dev
$ cd ~
$ wget https://mmonit.com/monit/dist/monit-5.27.2.tar.gz
$ tar zxvf monit-5.27.2.tar.gz
$ cd monit-5.27.2
$ ./configure
$ make && sudo make install
$ sudo cp monitrc /etc/

確認

$ sudo /usr/local/bin/monit -t
  Control file syntax OK
$ sudo /usr/local/bin/monit -c /etc/monitrc
  Starting Monit 5.27.2 daemon with http interface at [localhost]:2812
$ curl http://admin:monit@localhost:2812/_status?format=json

自動起動

$ sudo nano /lib/systemd/system/monit.service

設定

[Unit]
Description=Pro-active monitoring utility for unix systems
After=network-online.target
Documentation=man:monit(1) https://mmonit.com/wiki/Monit/HowTo 

[Service]
Type=simple
KillMode=process
ExecStart=/usr/local/bin/monit -I
ExecStop=/usr/local/bin/monit quit
ExecReload=/usr/local/bin/monit reload
Restart = on-abnormal
StandardOutput=null

[Install]
WantedBy=multi-user.target

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x
起動

$ sudo systemctl enable monit.service
$ sudo systemctl start monit.service
$ sudo systemctl status monit.service

モニタリング設定

https://mmonit.com/wiki/Monit/ConfigurationExamples
確認中
monit + BOINC: BOINC-Client mit monit überwachen – Rechenkraft
SSHD

Modules

monit netdata · GitHub

設定

$ cd /etc/netdata
$ sudo ./edit-config python.d/monit.conf

末尾に追記

local:
  name     : 'local'
  url     : 'http://localhost:2812'
  user:    : admin
  pass:    : monit

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo service netdata restart

更新履歴

  • 2021.05.05 設定見直し
  • 2021.03.29 設定見直し
  • 2021.01.03 TN-Grid追加
  • 2020.11.07 Folding@home追加
  • 2020.10.18 World Community Grid追加
  • 2020.05.03 書き直し
  • 2020.04.06 公開