「RaspberryPiで新型コロナウイルスの解析」の版間の差分

2020年3月29日 (日) 09:00時点における版

調査更新中

＠homeに参加してみます。

Folding＠home
https://foldingathome.org/
https://github.com/FoldingAtHome

Rosetta＠home
https://boinc.bakerlab.org/
https://github.com/rosetta-home

関連情報
https://foldingathome.org/news/
https://www.ipd.uw.edu/news/

Folding＠homeはARMプロセッサに未対応なのでBOINCを使用してみます。

環境

具合

• リソースの具合 IoT Monitor 別窓
• オーバークロックは計算中に異常が発生してるように見えるので「無し(900MHz)」に設定
• GPUは対応してない様子 メモリ割り当てをデフォルト値「64」に設定

OSの準備

http://downloads.raspberrypi.org/raspbian/images/raspbian-2018-11-15/2018-11-13-raspbian-stretch.zip

IP固定

$ sudo nano /etc/dhcpcd.conf

末尾に追記 ローカルネットワーク環境にあわせる

interface eth0
static ip_address=192.168.1.186/24
static routers=192.168.1.1
static domain_name_servers=192.168.1.1

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo reboot

遠隔操作

運用にモニター、マウス、キーボードは必要ないので遠隔操作に
標準で入っているRealVNCを使用

VNC有効

Menu > 設定 > Raspberry Piの設定 > インターフェイスタブ > VNC有効 > OK

解像度の変更

Menu > 設定 > Raspberry Piの設定 > システムタブ > 解像度 > 1280x1024程度

シャットダウンし、モニター、マウス、キーボードを取り外して電源入れ直し
WindowsPCなどのVNCクライアントから接続を試す
成功していれば、以降はVNCクライアントの窓の中で作業可

インストール

参考: Installing BOINC - BOINC

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
$ sudo apt-get install boinc-client boinc-manager
$ sudo service boinc-client start

再起動

$ sudo reboot

設定

Menu > システムツール > BOINC Manager起動

初めて起動する場合、「プロジェクトを選択してください」窓が出る
もう一度表示は、「ツール > プロジェクトを追加」ボタンで再度表示

タスクの確認で必要なのでメールアドレス、パスワードをメモ

表示 > 詳細表示で切り替え
「常時稼働」と「ネットワーク活動を常に許可」に変更

CPU使用量が100%で動いてしまいインターフェース操作がもたつく
CPU使用量を調整

オプション > 計算に関するプレファレンス
最大で75%のCPUコアまで 程度

再起動

$ sudo reboot

CPU使用量が80%程度で常時動いていれば成功

延命対策(省略可)

swap

無効化
Stretchの場合

$ sudo dphys-swapfile swapoff
$ sudo systemctl stop dphys-swapfile
$ sudo systemctl disable dphys-swapfile

fstab

設定

$ sudo nano /etc/fstab

nodiratime追記と末尾に追記
参考: fstab - ArchWiki atime オプション

PARTUUID=5ee44bf0-02  /               ext4    defaults,noatime,nodiratime  0       1
tmpfs    /tmp                              tmpfs    defaults,noatime,nodiratime,mode=1777  0       0
tmpfs    /run/user/1000                    tmpfs    defaults,noatime,nodiratime,mode=1777  0       0
tmpfs    /home/pi/.cache/lxsession/LXDE-pi tmpfs    defaults,noatime,nodiratime,mode=1777  0       0

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo reboot

確認

$ df -h

systemctl

確認

$ systemctl list-unit-files -t service|grep enabled

rsyslog停止

$ sudo systemctl stop rsyslog.service
$ sudo systemctl disable rsyslog.service
戻すなら
$ sudo systemctl enable rsyslog.service

bluetooth停止

$ sudo systemctl stop hciuart.service
$ sudo systemctl stop bluetooth.service
$ sudo systemctl disable hciuart.service
$ sudo systemctl disable bluetooth.service
戻すなら
$ sudo systemctl enable hciuart.service
$ sudo systemctl enable bluetooth.service

再起動

$ sudo reboot

確認

$ systemctl list-unit-files -t service
$ systemctl list-unit-files -t service|grep disabled

folder2ram

RAMディスク化

参考: GitHub - bobafetthotmail/folder2ram: mount those folders to ram without losing access to their counterpart on disk!

インストール

$ sudo wget -O /sbin/folder2ram https://raw.githubusercontent.com/bobafetthotmail/folder2ram/master/debian_package/sbin/folder2ram
$ sudo chmod +x /sbin/folder2ram
$ sudo folder2ram -configure
will now open the configuration file with your favourite text editor
write its name and press enter (nano, vim, gedit are the most common)
リターン

$ sudo nano /etc/folder2ram/folder2ram.conf

末尾に追記

tmpfs		/var/log
tmpfs		/var/tmp
tmpfs		/var/spool
tmpfs		/var/cache/samba
tmpfs		/var/lib/boinc-client/slots

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo folder2ram -mountall
$ sudo folder2ram -enablesystemd

再起動

$ sudo reboot

確認

$ df -h

journald

参考: man journald.conf の訳

$ sudo nano /etc/systemd/journald.conf

追記

Storage=none

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo reboot

更新履歴