「RaspberryPiで新型コロナウイルスの解析」の版間の差分

提供: ディーズガレージ wiki
移動先: 案内検索
(具合)
(具合)
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COVID-19-02 Rosetta@home 3B<br />
 
COVID-19-02 Rosetta@home 3B<br />
 
COVID-19-03 Rosetta@home 3B<br />
 
COVID-19-03 Rosetta@home 3B<br />
COVID-19-04 World Community Grid 2B v1.1<br />
+
COVID-19-04 World Community Grid 2B<br />
 
COVID-19-05 World Community Grid Zero<br />
 
COVID-19-05 World Community Grid Zero<br />
 
COVID-19-06 World Community Grid Zero<br />
 
COVID-19-06 World Community Grid Zero<br />

2022年6月5日 (日) 09:23時点における版

新型コロナウイルスの解析プロジェクトに参加してみます。

Status Monitor COVID-19

Iot-monitor02.png

具合

COVID-19-01 Rosetta@home 3B+
COVID-19-02 Rosetta@home 3B
COVID-19-03 Rosetta@home 3B
COVID-19-04 World Community Grid 2B
COVID-19-05 World Community Grid Zero
COVID-19-06 World Community Grid Zero
COVID-19-00 Netdata Master 2B

WCG移行スケジュール
https://www.worldcommunitygrid.org/

環境

以降、"Raspberry Pi OS"は"Pi OS"と表記

モデル Raspberry Pi 全種
OS Pi OS Lite (32bit) 2020-08-20
Pi OS Lite (arm64) 2020-08-20
ストレージ microSDHC 16GB CLASS10
熱対策 ヒートシンク 40×40×25
銅サイコロ 20×20×20
熱伝導性両面テープ 0.6W/m・K 200x300
リモート操作 Windows10, SSH

調査

Folding@home

Folding@home - Wikipedia
Manual installation (advanced) - Folding@home
ワシントン大学

Rosetta@home

Rosetta@home - Wikipedia
Running Rosetta (COVID-19 workunits) on Raspberry Pi 3B+ ... - reddit.com
Raspberry Pi 3 Model BとRaspbian Buster LiteでRosetta@home - Pastebin.com
ワシントン大学

World Community Grid

World Community Grid - Wikipedia
Volunteer your Raspberry Pi to IBM's World Community Grid - Raspberry Pi
クレンビル研究所

TN-Grid

TN-Grid
トレント大学

SiDock@home

SiDock@home
Releases · Marko / CmDock · GitLab
ロシア科学アカデミー

Rosetta@homeクローン

Fold for Covid
balena

Forum

Folding@home https://foldingforum.org/
Rosetta@home https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_index.php
World Community Grid https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/index
TN-Grid https://gene.disi.unitn.it/test/forum_index.php
SiDock@home https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php

Applications

Folding@home https://foldingathome.org/alternative-downloads/
Rosetta@home https://boinc.bakerlab.org/rosetta/apps.php
World Community Grid https://www.worldcommunitygrid.org/help/viewTopic.do?shortName=minimumreq
TN-Grid https://gene.disi.unitn.it/test/apps.php
SiDock@home https://www.sidock.si/sidock/apps.php

Server Status

Folding@home https://foldingathome.org/statistics/
Rosetta@home https://boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php
World Community Grid https://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewGlobal.do
TN-Grid https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php
SiDock@home https://www.sidock.si/sidock/server_status.php

統計 2021/12/04

Users Computers
Folding@home
Rosetta@home 1,369,617 4,461,958
World Community Grid 804,452 7,583,455
TN-Grid 2,929 58,316
SiDock@home 4,558 20,228

ARM非対応

BOINC@TACC テキサス大学
GPUGRID ポンペウ・ファブラ大学
COVID-PHYM Ibercivis
Quarantine@Home Aleph-1 Foundation

動作環境

Raspberry Pi - Wikipedia

プラットフォーム

Folding@home … FAH
Rosetta@home … BOINC
World Community Grid … BOINC
TN-Grid … BOINC
SiDock@home … BOINC

必要なCPU

Folding@home … ARMv8 (64bit)
Rosetta@home … ARMv8 (64bit)
World Community Grid … 制限無し
TN-Grid … 制限無し
SiDock@home … 制限無し

必要なメモリ

Folding@home … 512MB
Rosetta@home … 1000MB程度~
World Community Grid … 250MB程度
TN-Grid … 70MB程度
SiDock@home … ?

多分動くモデル

1A 1A+ 3A+ 1B 1B+ 2B 3B 3B+ 4B Zero Zero2
CPU ARMv 6 6 8 6 6 7,8 8 8 8 6 8
Folding@home
Rosetta@home
World Community Grid
TN-Grid
SiDock@home

△: タイムアウトするかも

多分動くOS

Folding@home … Pi OS Lite (arm64)
Rosetta@home … Pi OS Lite (arm64) または Pi OS Lite (32bit) + 64bitカーネル設定
World Community Grid … 制限無し
TN-Grid … 制限無し
SiDock@home … Pi4: Pi OS Lite (32bit) Buster, Pi3: Pi OS Lite (32bit) Stretch

CPU温度の限界点

70°C~ … ソフト温度制限 (3A+, 3B+のみ, 最高設定)
80°C~ … サーマルスロットリング
85°C~ … CPU, GPU停止

Pi OS

Raspberry PiをSSHリモート操作環境にする

mDNS

Windows10使用
iTunes - Apple(日本)
ほかのバージョンをお探しですか? > Windows > ダウンロード
WinRARでiTunes64Setup.exeからBonjour64.msiを取り出し
インストール

SSHクライアント

Windows10 Tera Term使用
https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/utf8teraterm/
インストール

OSインストール

Raspberry Pi Imager

Pi OS Lite (arm64) の場合イメージが無いのでダウンロード

Index of /raspios_lite_arm64/images

Raspberry Pi Imager > Use customでイメージを選択し焼き込み

ヘッドレスセットアップ
ヘッドレスセットアップ - Google 検索
ヘッドレスセットアップ A+ - Google 検索

root(boot)ディレクトリにssh空ファイル作成

電源ON
SSH接続

ホスト: raspberrypi.local
ユーザ名: pi
パスフレーズ: raspberry

確認

$ more /proc/device-tree/model | sed "s/$/\n/";getconf LONG_BIT | sed "s/^/os: /" | sed "s/$/bit/";arch | sed "s/^/kernel: /"

Raspberry Pi 3 Model B Plus Rev 1.3
os: 32bit
kernel: aarch64

64bitカーネル

Pi OS Lite (32bit) + 64bitカーネル設定 の場合
ARMv8 (64bit)のみ設定可

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記

arm_64bit=1
gpu_mem=16

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

expand

$ sudo raspi-config
Advanced Options > Expand Filesystem > <Ok> > tab > <Finish> > reboot<Yes>

locale

$ sudo raspi-config
Localisation Options > Change Locale >
[*] en_GB.UTF-8 UTF-8
[*] ja_JP.UTF-8 UTF-8 > スペースキー
> tab > <Ok> > ja_JP.UTF-8 リターン > tab > <Finish>
$ sudo reboot

timezone

$ sudo raspi-config
Localisation Options > Change Time Zone > アジア > 東京 > tab > <Finish>
$ sudo reboot

hostname

$ sudo raspi-config
Network Options > Hostname > <了解>

変更

covid-19-01
tab > <了解> > tab > <Finish> > <はい>

SSH接続

ホスト: covid-19-01.local
ユーザ名: pi
パスフレーズ: raspberry

timesyncd

設定

$ sudo nano /etc/systemd/timesyncd.conf

修正

[Time]
NTP=ntp.nict.jp
#FallbackNTP=0.debian.pool.ntp.org 1.debian.pool.ntp.org 2.debian.pool.ntp.org 3.debian.pool.ntp.org
#RootDistanceMaxSec=5
#PollIntervalMinSec=32
#PollIntervalMaxSec=2048

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

起動

$ sudo timedatectl set-ntp true

確認

$ timedatectl status

upgrade

$ sudo apt update
$ sudo apt upgrade

zram

$ sudo nano /usr/bin/zram.sh

設定

#!/bin/bash
cores=$(nproc --all)
modprobe zram num_devices=$cores
swapoff -a
totalmem=`free | grep -e "^Mem:" | awk '{print $2}'`
mem=$(( ($totalmem * 2 / $cores)* 1024 ))
modprobe deflate
modprobe zlib
modprobe lz4hc_compress
core=0
while [ $core -lt $cores ]; do
  echo deflate > /sys/block/zram$core/comp_algorithm ||
   echo zlib > /sys/block/zram$core/comp_algorithm ||
   echo lz4hc > /sys/block/zram$core/comp_algorithm ||
   echo lz4 > /sys/block/zram$core/comp_algorithm
# not sure which one this kernel has
  echo $mem > /sys/block/zram$core/disksize
  mkswap /dev/zram$core
  swapon --discard -p 5 /dev/zram$core # reclaim memory better
  let core=core+1
done

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo chmod +x /usr/bin/zram.sh
$ sudo nano /etc/rc.local

末尾のexit 0手前に追記

/usr/bin/zram.sh &

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ zramctl

swap

$ sudo nano /etc/dphys-swapfile

変更

#CONF_SWAPSIZE=100
CONF_SWAPSIZE=2048

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo systemctl start dphys-swapfile
$ sudo systemctl enable dphys-swapfile
$ sudo reboot

確認

$ sudo swapon --show

サービスは動いてるけどswapが無い
確認

$ systemctl list-unit-files --type=service

終了: Ctrl + c
rc.localで起動してみる
設定

$ sudo systemctl stop dphys-swapfile
$ sudo systemctl disable dphys-swapfile
$ sudo nano /etc/rc.local

zramの下に追記

/usr/bin/zram.sh &
systemctl start dphys-swapfile

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ sudo swapon --show

service

$ sudo systemctl stop rsyslog
$ sudo systemctl disable rsyslog
$ sudo systemctl stop hciuart bluetooth
$ sudo systemctl disable hciuart bluetooth

journald

$ sudo nano /etc/systemd/journald.conf

末尾に追記

Storage=none

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

overclocking

raspi-documentation/overclocking.md at master · RealVNC/raspi-documentation · GitHub

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記
Zero のみ (変化ない?)

arm_freq = 1100
over_voltage = 8
sdram_freq = 500
sdram_over_voltage = 2
force_turbo = 1
boot_delay = 1

1B+ のみ

arm_freq=1000
core_freq=500
sdram_freq=600
over_voltage=6

2B のみ

arm_freq=1000
core_freq=500
sdram_freq=500
over_voltage=2

3B のみ

arm_freq=1350
core_freq=500
over_voltage=4

3B+ のみ

temp_soft_limit=70

4B のみ

over_voltage=2
arm_freq=1750

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd get_config arm_freq

Folding@home

FAHClient

Passkey - Folding@home

Username: GGGGGG
Passkey: FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
Passkeyメールが届く

インストール
Alternative Downloads - Folding@home

$ wget https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahclient/debian-stable-arm64/v7.6/fahclient_7.6.21_arm64.deb
$ sudo dpkg -i fahclient_7.6.21_arm64.deb

fahclientを設定しています
Folding@home User Name: Anonymous <tab> <OK>
Folding@home Team Number: 0 <tab> <OK>
Folding@home Passkey: FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF <tab> <OK>
light or medium or full: full <リターン>
Should FAHClient be automatically started?: <OK>


設定

$ sudo nano /etc/fahclient/config.xml


設定
192.168.1.0/24 はプライベートIPアドレス

<config>
  <!-- Client Control -->
  <fold-anon v='true'/>

  <!-- Folding Slot Configuration -->
  <cause v='COVID_19'/>
  <gpu v='false'/>

  <!-- HTTP Server -->
  <allow v='127.0.0.1 192.168.1.0/24'/>

  <!-- Network -->
  <proxy v=':8080'/>

  <!-- Remote Command Server -->
  <command-allow-no-pass v='127.0.0.1 192.168.1.0/24'/>

  <!-- Slot Control -->
  <power v='full'/>

  <!-- User Information -->
  <passkey v='FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF'/>

  <!-- Web Server -->
  <web-allow v='127.0.0.1 192.168.1.0/24'/>

  <!-- Folding Slots -->
  <slot id='0' type='CPU'/>
</config>

再起動

$ sudo reboot

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

FAHControl

Alternative Downloads - Folding@home
Windows10使用
スタートメニュー > Folding@home > FAHControl

FAHControl covid-19.jpg

FAHControl > 左下: Clients +Add > Connection
設定

Name: COVID-19
Hostname or IP: covid-19-01.local
Port: 36330

WEB CONTROL
http://covid-19-01.local:7396

FAHClient covid-19.jpg

Rosetta@home

インストール

$ sudo apt install boinc-client boinctui
$ sudo nano /var/lib/boinc-client/cc_config.xml

設定

<cc_config>
  <log_flags>
    <task>1</task>
    <file_xfer>1</file_xfer>
    <sched_ops>1</sched_ops>
  </log_flags>
  <options>
    <alt_platform>aarch64-unknown-linux-gnu</alt_platform>
    <allow_remote_gui_rpc>1</allow_remote_gui_rpc>
  </options>
</cc_config>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs_override.xml

設定

<!--
This configuration file global_prefs_override.xml for the BOINC core client
can be used to override global preferences locally. For a complete list of
all preferences which can be overridden see:
http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/PrefsOverride
-->
<global_preferences>
    <run_on_batteries>1</run_on_batteries>
    <run_if_user_active>1</run_if_user_active>
    <run_gpu_if_user_active>1</run_gpu_if_user_active>
    <suspend_cpu_usage>0.000000</suspend_cpu_usage>
    <leave_apps_in_memory>0</leave_apps_in_memory>
    <confirm_before_connecting>0</confirm_before_connecting>
    <hangup_if_dialed>0</hangup_if_dialed>
    <dont_verify_images>0</dont_verify_images>
    <work_buf_min_days>2.000000</work_buf_min_days>
    <work_buf_additional_days>0.200000</work_buf_additional_days>
    <max_ncpus_pct>50.000000</max_ncpus_pct>
    <cpu_scheduling_period_minutes>60.000000</cpu_scheduling_period_minutes>
    <disk_interval>60.000000</disk_interval>
    <disk_max_used_gb>100.000000</disk_max_used_gb>
    <disk_max_used_pct>100.000000</disk_max_used_pct>
    <disk_min_free_gb>0.100000</disk_min_free_gb>
    <vm_max_used_pct>90.000000</vm_max_used_pct>
    <ram_max_used_busy_pct>400.000000</ram_max_used_busy_pct>
    <ram_max_used_idle_pct>400.000000</ram_max_used_idle_pct>
    <cpu_usage_limit>100.000000</cpu_usage_limit>
</global_preferences>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /etc/boinc-client/gui_rpc_auth.cfg

適当なパスワードを平文で書く AAAAAAAAA
保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

アカウント
Rosetta@home
Join Rosetta@home > Sign Up > アカウントを作成する

名前: GGGGGG
Eメール: BBB@BBB.BBB
パスワード: CCCCCCCCC

アカウント・キーの確認
アカウント・キー

アカウント・キー: DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

設定

$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project_attach https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

$ boinctui
host 127.0.0.1
port 31416
pwd AAAAAAAAA

Rosettahome covid-19.jpg

boinctuiメモ

Projects > Rosetta@home >
Update project: プロジェクトの更新
Suspend project: プロジェクトの一時停止
Resume project: プロジェクトの再開
No new tasks: 新しいタスクの取得中止
Allow new tasks: 新しいタスクの取得許可
Reset project: 現在のタスクの削除とプロジェクトの更新
Detach project: プロジェクトのデタッチ
Task >
Suspend task: タスクの一時停止
Resume task: タスクの再開
Abort task: タスクの完全停止

Boinccmd メモ

再読み込み 構成ファイル
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_cc_config
再読み込み グローバル設定
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_global_prefs_override
プロジェクトを更新
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ update
プロジェクトを停止
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ suspend
プロジェクトを再開
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ resume

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

World Community Grid

インストール

$ sudo apt install boinc-client boinctui
$ sudo nano /var/lib/boinc-client/cc_config.xml

設定

<cc_config>
  <log_flags>
    <task>1</task>
    <file_xfer>1</file_xfer>
    <sched_ops>1</sched_ops>
  </log_flags>
  <options>
    <alt_platform>arm-unknown-linux-gnueabihf</alt_platform>
    <allow_remote_gui_rpc>1</allow_remote_gui_rpc>
  </options>
</cc_config>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs_override.xml

設定

<!--
This configuration file global_prefs_override.xml for the BOINC core client
can be used to override global preferences locally. For a complete list of
all preferences which can be overridden see:
http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/PrefsOverride
-->
<global_preferences>
   <run_on_batteries>1</run_on_batteries>
   <run_if_user_active>1</run_if_user_active>
   <run_gpu_if_user_active>1</run_gpu_if_user_active>
   <suspend_cpu_usage>0.000000</suspend_cpu_usage>
   <start_hour>0.000000</start_hour>
   <end_hour>0.000000</end_hour>
   <net_start_hour>0.000000</net_start_hour>
   <net_end_hour>0.000000</net_end_hour>
   <leave_apps_in_memory>0</leave_apps_in_memory>
   <confirm_before_connecting>0</confirm_before_connecting>
   <hangup_if_dialed>0</hangup_if_dialed>
   <dont_verify_images>0</dont_verify_images>
   <work_buf_min_days>2.000000</work_buf_min_days>
   <work_buf_additional_days>0.200000</work_buf_additional_days>
   <max_ncpus_pct>75.000000</max_ncpus_pct>
   <cpu_scheduling_period_minutes>60.000000</cpu_scheduling_period_minutes>
   <disk_interval>300.000000</disk_interval>
   <disk_max_used_gb>0.000000</disk_max_used_gb>
   <disk_max_used_pct>100.000000</disk_max_used_pct>
   <disk_min_free_gb>0.000000</disk_min_free_gb>
   <vm_max_used_pct>90.000000</vm_max_used_pct>
   <ram_max_used_busy_pct>100.000000</ram_max_used_busy_pct>
   <ram_max_used_idle_pct>100.000000</ram_max_used_idle_pct>
   <max_bytes_sec_up>0.000000</max_bytes_sec_up>
   <max_bytes_sec_down>0.000000</max_bytes_sec_down>
   <cpu_usage_limit>100.000000</cpu_usage_limit>
   <daily_xfer_limit_mb>0.000000</daily_xfer_limit_mb>
   <daily_xfer_period_days>0</daily_xfer_period_days>
</global_preferences>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /etc/boinc-client/gui_rpc_auth.cfg

適当なパスワードを平文で書く AAAAAAAAA
保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

アカウント
World Community Grid - ホーム

いますぐ参加 > サインアップ
電子メールアドレス: BBB@BBB.BBB
パスワード: CCCCCCCCC
プロジェクトを選択します > OpenPandemics-COVID-19
以降適当に
確認メールが届く

アカウント・キーの確認
World Community Grid - マイ・プロファイル

アカウント・キー: EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE

設定

$ boinccmd --passwd AAAAAAAA --project_attach http://www.worldcommunitygrid.org EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

$ boinctui
host 127.0.0.1
port 31416
pwd AAAAAAAAA

Wcg covid-19.jpg

boinctuiメモ

Projects > World Community Grid >
Update project: プロジェクトの更新
Suspend project: プロジェクトの一時停止
Resume project: プロジェクトの再開
No new tasks: 新しいタスクの取得中止
Allow new tasks: 新しいタスクの取得許可
Reset project: 現在のタスクの削除とプロジェクトの更新
Detach project: プロジェクトのデタッチ
Task >
Suspend task: タスクの一時停止
Resume task: タスクの再開
Abort task: タスクの完全停止

Boinccmd メモ

再読み込み 構成ファイル
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_cc_config
再読み込み グローバル設定
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_global_prefs_override
プロジェクトを更新
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://www.worldcommunitygrid.org update
プロジェクトを停止
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://www.worldcommunitygrid.org suspend
プロジェクトを再開
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://www.worldcommunitygrid.org resume

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

TN-Grid

インストール

$ sudo apt install boinc-client boinctui
$ sudo nano /var/lib/boinc-client/cc_config.xml

設定

<cc_config>
  <log_flags>
    <task>1</task>
    <file_xfer>1</file_xfer>
    <sched_ops>1</sched_ops>
  </log_flags>
  <options>
    <alt_platform>arm-unknown-linux-gnueabihf</alt_platform>
    <allow_remote_gui_rpc>1</allow_remote_gui_rpc>
  </options>
</cc_config>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /var/lib/boinc-client/global_prefs_override.xml

設定

<!--
This configuration file global_prefs_override.xml for the BOINC core client
can be used to override global preferences locally. For a complete list of
all preferences which can be overridden see:
http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/PrefsOverride
-->
<global_preferences>
   <run_on_batteries>1</run_on_batteries>
   <run_if_user_active>1</run_if_user_active>
   <run_gpu_if_user_active>1</run_gpu_if_user_active>
   <suspend_cpu_usage>0.000000</suspend_cpu_usage>
   <start_hour>0.000000</start_hour>
   <end_hour>0.000000</end_hour>
   <net_start_hour>0.000000</net_start_hour>
   <net_end_hour>0.000000</net_end_hour>
   <leave_apps_in_memory>0</leave_apps_in_memory>
   <confirm_before_connecting>0</confirm_before_connecting>
   <hangup_if_dialed>0</hangup_if_dialed>
   <dont_verify_images>0</dont_verify_images>
   <work_buf_min_days>2.000000</work_buf_min_days>
   <work_buf_additional_days>0.200000</work_buf_additional_days>
   <max_ncpus_pct>75.000000</max_ncpus_pct>
   <cpu_scheduling_period_minutes>60.000000</cpu_scheduling_period_minutes>
   <disk_interval>300.000000</disk_interval>
   <disk_max_used_gb>0.000000</disk_max_used_gb>
   <disk_max_used_pct>100.000000</disk_max_used_pct>
   <disk_min_free_gb>0.000000</disk_min_free_gb>
   <vm_max_used_pct>90.000000</vm_max_used_pct>
   <ram_max_used_busy_pct>100.000000</ram_max_used_busy_pct>
   <ram_max_used_idle_pct>100.000000</ram_max_used_idle_pct>
   <max_bytes_sec_up>0.000000</max_bytes_sec_up>
   <max_bytes_sec_down>0.000000</max_bytes_sec_down>
   <cpu_usage_limit>100.000000</cpu_usage_limit>
   <daily_xfer_limit_mb>0.000000</daily_xfer_limit_mb>
   <daily_xfer_period_days>0</daily_xfer_period_days>
</global_preferences>

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /etc/boinc-client/gui_rpc_auth.cfg

適当なパスワードを平文で書く AAAAAAAAA
保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

アカウント
新しいアカウントを作成

Invitation Code: science@tn
名前: GGGGGG
Eメール: BBB@BBB.BBB
パスワード: CCCCCCCCC

アカウント・キーの確認
アカウント・キー

アカウント・キー: HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

設定

$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project_attach http://gene.disi.unitn.it/test/ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

確認

$ htop

終了: Ctrl + c

$ boinctui
host 127.0.0.1
port 31416
pwd AAAAAAAAA

boinctuiメモ

Projects > TN-Grid Platform >
Update project: プロジェクトの更新
Suspend project: プロジェクトの一時停止
Resume project: プロジェクトの再開
No new tasks: 新しいタスクの取得中止
Allow new tasks: 新しいタスクの取得許可
Reset project: 現在のタスクの削除とプロジェクトの更新
Detach project: プロジェクトのデタッチ
Task >
Suspend task: タスクの一時停止
Resume task: タスクの再開
Abort task: タスクの完全停止

Boinccmd メモ

再読み込み 構成ファイル
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_cc_config
再読み込み グローバル設定
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --read_global_prefs_override
プロジェクトを更新
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://gene.disi.unitn.it/test/ update
プロジェクトを停止
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://gene.disi.unitn.it/test/ suspend
プロジェクトを再開
$ boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://gene.disi.unitn.it/test/ resume

CPU温度

$ while true; do vcgencmd measure_temp; sleep 1s; done

終了: Ctrl + c

SiDock@home

Releases · Marko / CmDock · GitLab
未確認

cron

BOINCプラットフォームのみ

設定

$ crontab -e

1. /bin/nano <---- easiest
2. /usr/bin/vim.tiny
3. /bin/ed
Choose 1-3 [1]: > リターン
末尾に追記
Rosetta@home

0 * * * * boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project https://boinc.bakerlab.org/rosetta/ update

World Community Grid

0 * * * * boinccmd --passwd AAAAAAAAA --project http://www.worldcommunitygrid.org update

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x
確認

$ sudo /etc/init.d/cron restart
$ sudo /etc/init.d/cron status

延命化

fstab

$ sudo nano /etc/fstab

末尾に追記

tmpfs    /tmp                              tmpfs    defaults,noatime,nodiratime,mode=1777  0       0

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ df -h

folder2ram

GitHub - bobafetthotmail/folder2ram

$ sudo wget -O /sbin/folder2ram https://raw.githubusercontent.com/bobafetthotmail/folder2ram/master/debian_package/sbin/folder2ram
$ sudo chmod +x /sbin/folder2ram
$ sudo folder2ram -configure
リターン
$ sudo nano /etc/folder2ram/folder2ram.conf

末尾に追記
/var/log 設定するとOS再起動後netdataが起動しない
/var/lib/boinc-client/slots ダメかも
boinc-client/slots BOINCプラットフォーム使用時

tmpfs		/var/log
tmpfs		/var/tmp
tmpfs		/var/spool
tmpfs		/var/lib/boinc-client/slots

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo folder2ram -mountall
$ sudo folder2ram -enablesystemd
$ sudo reboot

確認

$ df -h

省電力化

HDMI

$ sudo nano /etc/rc.local

末尾のexit 0手前に追記

tvservice --off

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

Bluetooth

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記

dtoverlay=disable-bt

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

Wi-Fi

$ sudo nano /boot/config.txt

末尾に追記

dtoverlay=disable-wifi

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

SMTPクライアント

msmtp - ArchWiki

Gmailの二段階認証を設定
アプリパスワードを発行

インストール

$ sudo apt install msmtp msmtp-mta

設定

$ sudo nano /etc/msmtprc
# Set default values for all following accounts.
defaults
tls            on
tls_starttls   on
tls_certcheck  off
auth plain
logfile        ~/.msmtp.log

# Gmail
account        gmail
host           smtp.gmail.com
port           587
from           *****@gmail.com
user           *****
password       アプリパスワード

# Set a default account
account default : gmail

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

変更

$ sudo chmod 0644 /etc/msmtprc

送信テスト

$ echo "Subject: test" | sendmail -v *****@gmail.com

ログ

$ sudo nano ~/.msmtp.log

終了: Ctrl + x

負荷テスト

インストール

$ sudo apt install stress
$ stress --help

実行 10分間

$ sudo stress -c 4 -i 4 -m 4 -d 1 -t 10m

CPU使用率制限

CPU使用率を制限したい場合
インストール

$ sudo apt install cpulimit
$ cpulimit -h

確認 Rosetta@home

$ ps -eo cmd
 CMD
 ../../projects/boinc.bakerlab.org_rosetta/rosetta_4.20_aarch64-unknown-linux-gnu ....

テスト

$ sudo cpulimit -e rosetta_4.20_aarch64-unknown-linux-gnu -l 65

終了: Ctrl + c

確認 World Community Grid

$ ps -eo cmd
CMD
../../projects/www.worldcommunitygrid.org/wcgrid_opn1_autodock_7.21_arm-unknown-linux-gnueabihf ....

テスト

$ sudo cpulimit -e wcgrid_opn1_autodock_7.21_arm-unknown-linux-gnueabihf -l 65

終了: Ctrl + c

確認 TN-Grid

$ ps -eo cmd
CMD
../../projects/gene.disi.unitn.it_test/gene_pcim_v1.10_armv6zk_vfp ....

テスト

$ sudo cpulimit -e gene_pcim_v1.10_armv6zk_vfp -l 65

終了: Ctrl + c

確認 SiDock@home

設定

$ sudo nano /etc/rc.local

末尾のexit 0手前に追記

cpulimit -e rosetta_4.20_aarch64-unknown-linux-gnu -l 65 -b
cpulimit -e wcgrid_opn1_autodock_7.21_arm-unknown-linux-gnueabihf -l 65 -b
cpulimit -e gene_pcim_v1.10_armv6zk_vfp -l 65 -b

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

Boinc GUI

BOINCプラットフォームのみ

Boinc Manager

Install BOINC
Windows10使用

Boinc manager covid-19.jpg

設定

ファイル > コンピュータの選択
計算機名(ホスト名): covid-19-01
パスワード: AAAAAAAAA

リンク修正
BOINC Managerを終了
BOINC Managerのアイコンを右クリック > プロパティ
リンク先: "C:\Program Files\BOINC\boincmgr.exe" -n covid-19-01 -p AAAAAAAAA

BOINC Managerを起動
オプション > イベント・ログのオプション > 全てOFF
プロジェクト選択 > 操作 > 更新

チームに参加
Rosetta@home
rosetta@raspberrypi.linux.5ch
チームのランキング - Rosetta@home

イベント・ログにエラー
cc_config.xml の中に認識されないタグが見つかりました: <allow_gui_rpc_get>
cc_config.xml の中に認識されないタグが見つかりました: <max_stderr_file_size>
cc_config.xml の中に認識されないタグが見つかりました: <max_stdout_file_size>

$ sudo nano /var/lib/boinc-client/cc_config.xml

削除
保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

BoincView

BOINC add-on software
BoincView
Windows10使用

BoincView.jpg

設定
ダウンロード解凍し、C:\Program Files (x86)に配置、起動
登録 > +アイコン

Name: COVID-19-01
Get data via network acess: ✔
Hostname: covid-19-01 31416
BOINC password: AAAAAAAAA
Apply

BoincTasks

BOINC add-on software
BoincTasks
Windows10使用

Boinc tasks.jpg

設定
計算機tab選択 > メニューの計算機 > 計算機を追加

計算機: COVID-19-01
IPアドレス: covid-19-01.local
ポート: 31416
パスワード: AAAAAAAAA

Netdata

Covid-19 netdata.jpg

インストール

Get Netdata | Learn Netdata
Install Netdata with kickstart.sh · Netdata Agent | Learn Netdata

複数台の場合、1台をParent(親機), 他をChild(子機)に設定
1台の場合、Parent(親機)に設定

$ bash <(curl -Ss https://my-netdata.io/kickstart.sh) --stable-channel --disable-cloud --disable-telemetry

再インストール
Reinstall the Netdata Agent · Netdata Agent | Learn Netdata

$ bash <(curl -Ss https://my-netdata.io/kickstart.sh) --stable-channel --disable-cloud --disable-telemetry --reinstall

ワンライナー
netdata/netdata-installer.sh at master · netdata/netdata · GitHub

設定

$ sudo /etc/netdata/edit-config netdata.conf
[global]
           history = 600
           memory mode = ram
           debug log = none
           error log = none
           access log = none
[web]
           enable gzip compression = no
[plugins]
           cgroups = no
           tc = no
           idlejitter = no

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

温度センサー

$ sudo /etc/netdata/edit-config charts.d.conf

末尾に追記

sensors=force

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

fstab

$ sudo nano /etc/fstab

末尾に追記

tmpfs    /var/lib/netdata                  tmpfs    defaults,noatime,nodiratime,mode=1777  0       0

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo reboot

確認

$ df -h

アンインストール

https://learn.netdata.cloud/docs/agent/packaging/installer/uninstall

確認

$ cd ~
$ cd /etc/netdata/
$ ls -a

実行

$ sudo /usr/libexec/netdata/netdata-uninstaller.sh --yes --env /etc/netdata/.environment

ENTERの繰り返し

$ sudo reboot

Streaming

Streaming and replication | Learn Netdata

複数台をParent(親機)で管理する場合
Parent(親機)

$ sudo /etc/netdata/edit-config stream.conf

設定

# [API_KEY] is [YOUR-API-KEY], i.e [11111111-2222-3333-4444-555555555555]
[11111111-2222-3333-4444-555555555555]
  enabled = yes
  allow from = *
  default history = 3600
  default memory mode = ram
  health enabled by default = auto

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

Child(子機)
ヘッドレスコレクター

$ sudo /etc/netdata/edit-config stream.conf

設定

[stream]
    enabled = yes
    destination = covid-19-01.local:19999
    api key = 11111111-2222-3333-4444-555555555555

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo /etc/netdata/edit-config netdata.conf

設定

[global]
          history = 600
          memory mode = none
          debug log = none
          error log = none
          access log = none
[web]
          mode = none
          accept a streaming request every seconds = 0
          enable gzip compression = no
[plugins]
          cgroups = no
          tc = no
          idlejitter = no
[health]
          enabled = no

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

Modules

BOINC

BOINC monitoring with Netdata | Learn Netdata

Parent(親機), Child(子機)に設定
BOINCプラットフォームのみ

$ cd /etc/netdata
$ sudo ./edit-config python.d/boinc.conf

末尾に追記
実機のhostname

remote:
  hostname: covid-19-03
  password: AAAAAAAAA

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo service netdata restart

vcgencmd

RPI vcgencmd usage - eLinux.org
python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

グループvideoに追加

$ sudo adduser netdata video
$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd get_throttled
0x0 正常
0x50005 現在 低電圧
0x80008 現在 熱によりクロックダウン
0x50000 過去 低電圧状態になったが現在は正常
0x80000 過去 熱によりクロックダウンし現在は正常

Raspberry Pi Documentation
Monitoring Raspberry Pi Power and Thermal Issues

0 現在 低電圧
1 現在 クロックダウン
2 現在 スロットリング
3 現在 ソフト温度制限
16 過去 低電圧 (現在正常)
17 過去 周波数制限 (現在正常)
18 過去 スロットリング (現在正常)
19 過去 ソフト温度制限 (現在正常)

メモ

measure_clock [clock]
$ vcgencmd measure_clock arm;vcgencmd measure_clock core;vcgencmd measure_clock H264;vcgencmd measure_clock isp;vcgencmd measure_clock v3d;vcgencmd measure_clock uart;vcgencmd measure_clock pwm;vcgencmd measure_clock emmc;vcgencmd measure_clock pixel;vcgencmd measure_clock vec;vcgencmd measure_clock hdmi;vcgencmd measure_clock dpi
measure_volts [block]
$ vcgencmd measure_volts core;vcgencmd measure_volts sdram_c;vcgencmd measure_volts sdram_i;vcgencmd measure_volts sdram_p
otp_dump
$ vcgencmd otp_dump
get_mem type
$ vcgencmd get_mem arm;vcgencmd get_mem gpu;cat /proc/meminfo
codec_enabled [type]
$ vcgencmd codec_enabled AGIF;vcgencmd codec_enabled FLAC;vcgencmd codec_enabled H263;vcgencmd codec_enabled H264;vcgencmd codec_enabled MJPA;vcgencmd codec_enabled MJPB;vcgencmd codec_enabled MJPG;vcgencmd codec_enabled MPG2;vcgencmd codec_enabled MPG4;vcgencmd codec_enabled MVC0;vcgencmd codec_enabled PCM;vcgencmd codec_enabled THRA;vcgencmd codec_enabled VORB;vcgencmd codec_enabled VP6;vcgencmd codec_enabled VP8;vcgencmd codec_enabled WMV9;vcgencmd codec_enabled WVC1
read_ring_osc
$ vcgencmd read_ring_osc
display_power [0 | 1 | -1] [display]
$ vcgencmd display_power

設定

$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/vcgencmd.chart.py
# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

ORDER = ["under-voltage", "arm-frequency", "throttling", "soft-temperature-limit"]

CHARTS = {
    "under-voltage": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Under-voltage detected",
            "",
            "under-voltage",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["under-voltage"]],
    },
    "arm-frequency": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Arm frequency capped",
            "",
            "arm-frequency",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["arm-frequency"]],
    },
    "throttling": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Currently throttled",
            "",
            "throttling",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["throttling"]],
    },
    "soft-temperature-limit": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "Soft temperature limit active",
            "",
            "soft-temperature-limit",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["soft-temperature-limit"]],
    },
}

VCGENCMD_COMMAND = "vcgencmd get_throttled"


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = VCGENCMD_COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            throttled_binary = bin(int(raw[0].split("=")[1], 0))
            if throttled_binary == "0b0":
                throttled_binary = "0b0000000000000000000"
            return {
                "under-voltage": throttled_binary[-1],
                "arm-frequency": throttled_binary[-2],
                "throttling": throttled_binary[-3],
                "soft-temperature-limit": throttled_binary[-4],
            }
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/vcgencmd.conf

設定

types:
  - under-voltage
  - arm-frequency
  - throttling
  - soft-temperature-limit

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin vcgencmd debug trace nolock

Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

vcgencmd: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

throttling

RPI vcgencmd usage - eLinux.org
Frequency management and thermal control - Raspberry Pi Documentation
python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

※vcgencmdと内容が重複してる

グループvideoに追加

$ sudo adduser netdata video
$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd get_throttled
throttled=0x0
0x0 正常
0x50000 過去 低電圧状態になったが現在は正常
0x50005 現在 低電圧状態
0x80000 過去 熱によりクロックダウン
0x80008 現在 熱によりクロックダウン

0x50005を{"voltage": 1}
0x80008を{"voltage": 2}
その他を{"voltage": 0}に振り分けてみる

$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/throttle.chart.py

設定

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

VCGENCMD_COMMAND = "vcgencmd get_throttled"

ORDER = ["throttle"]

CHARTS = {
    "throttle": {
        "options": [
            "vcgencmd get_throttled",
            "CPU throttling or under-voltage",
            "",
            "voltage",
            "",
            "line",
        ],
        "lines": [["voltage", "throttle", "absolute", 1]],
    }
}


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = VCGENCMD_COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            str = raw[0].split("=")[1].replace("\n", "")
            if str == "0x50005":
                return {"voltage": 1}
            elif str == "0x80008":
                return {"voltage": 2}
            else:
                return {"voltage": 0}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/throttle.conf

設定

types:
  - throttle

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin throttle debug trace
Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

throttle: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

core-voltage

RPI vcgencmd usage - eLinux.org
python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

グループvideoに追加

$ sudo adduser netdata video
$ sudo reboot

確認

$ vcgencmd measure_volts
volt=1.2000V
$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/volts.chart.py

設定

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

VCGENCMD_COMMAND = "vcgencmd measure_volts"

ORDER = ["volts"]

CHARTS = {
    "volts": {
        "options": [
            "vcgencmd measure_volts",
            "Core voltage",
            "",
            "volt",
            "volts",
            "line",
        ],
        "lines": [["voltage", "volt", "absolute", 1]],
    }
}


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = VCGENCMD_COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            str = raw[0].split("=")[1].replace("V\n", "")
            str_float = float(str) * 1000
            return {"voltage": str_float}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/volts.conf

設定

types:
  - core-voltage

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin volts debug trace
Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

volts: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

freqmode

python.d.plugin - Netdata Documentation

Parent(親機), Child(子機)に設定

インストール

$ sudo apt install cpufrequtils

確認

$ cpufreq-info -p
600000 1200000 performance

こんな感じにしてみる

cpufreq value
powersave 0
conservative 1
ondemand 2
performance 3
$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/freqmode.chart.py

設定

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

COMMAND = "cpufreq-info -p"

ORDER = ["FreqMode"]

CHARTS = {
    "FreqMode": {
        "options": [None, "FreqMode", "", "FreqMode", "FreqMode", "line"],
        "lines": [["freqmode", "FreqMode", "absolute", 1]],
    }
}


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            str = raw[0].split(" ")[2].replace("\n", "")
            if str == "powersave":
                return {"freqmode": 0}
            elif str == "conservative":
                return {"freqmode": 1}
            elif str == "ondemand":
                return {"freqmode": 2}
            elif str == "performance":
                return {"freqmode": 3}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/freqmode.conf

設定

types:
  - freqmode

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin freqmode debug trace
Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

freqmode: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

reboot-required

unattended-upgradesの再起動要求を監視

Parent(親機), Child(子機)に設定

確認
reboot-requiredのファイルがある場合、再起動が必要

$ test -e /var/run/reboot-required; echo $?

0: 再起動必要
1: 再起動必要ない

設定

$ sudo nano /usr/libexec/netdata/python.d/reboot_required.chart.py

0と1逆にしておく

# -*- coding: utf-8 -*-

from bases.FrameworkServices.ExecutableService import ExecutableService

ORDER = ["reboot-required"]

CHARTS = {
    "reboot-required": {
        "options": [None, "Reboot Required", "bool", "", "reboot.required", "line"],
        "lines": [["reboot-required"]],
    }
}

COMMAND = "test -e /var/run/reboot-required"


class Service(ExecutableService):
    def __init__(self, configuration=None, name=None):
        ExecutableService.__init__(self, configuration=configuration, name=name)
        self.order = ORDER
        self.definitions = CHARTS
        self.command = COMMAND

    def _get_data(self):
        try:
            raw = self._get_raw_data()
            if raw == "0":
                return {"reboot-required": 1}
            else:
                return {"reboot-required": 0}
        except (ValueError, AttributeError):
            return None

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

$ sudo nano /usr/lib/netdata/conf.d/python.d/reboot_required.conf

設定

update_every: 15
priority: 60000
retries: 60

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

debug

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/python.d.plugin reboot_required debug trace nolock

Ctrl + c > 停止
Ctrl + d > ログアウト

登録

$ sudo /etc/netdata/edit-config python.d.conf

末尾に追記

reboot_required: yes

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

再起動

$ sudo service netdata restart

確認

http://covid-19-01.local:19999

Alarms

Health quickstart | Learn Netdata
Health configuration reference · Netdata Agent | Learn Netdata

調整

Parent(親機)に設定

swap.conf 停止
ram.conf しきい値調整

$ cd /etc/netdata/
$ sudo ./edit-config health.d/swap.conf

設定

#      to: sysadmin
       to: silent

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

$ cd /etc/netdata/
$ sudo ./edit-config health.d/ram.conf

変更

   alarm: ram_available
      on: mem.available
      os: linux
   hosts: *
    calc: ($avail + $system.ram.used_ram_to_ignore) * 100 / ($system.ram.used + $syste$
   units: %
   every: 10s
#   warn: $this < (($status >= $WARNING)  ? (15) : (10))
#   crit: $this < (($status == $CRITICAL) ? (10) : ( 5))
    warn: $this < (($status >= $WARNING)  ? ( 7.5) : ( 5))
    crit: $this < (($status == $CRITICAL) ? ( 5) : ( 2.5))
   delay: down 15m multiplier 1.5 max 1h
    info: estimated amount of RAM available for userspace processes, without causing s$
      to: sysadmin

保存: Ctrl + o > リターン
終了: Ctrl + x

リロード

$ sudo netdatacli reload-health

オーバーヒート

Parent(親機)に設定

sensors=forceの温度使用
70度でwarning
80度でcritical

$ cd /etc/netdata/
$ sudo ./edit-config health.d/temperature.conf

設定

template: thermal_temperature
on: sensors.temp
os: linux
lookup: average -1m max
units: celsius
every: 10s
warn: $this > 70
crit: $this > 80
info: Thermal Temperature
to: sysadmin

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

リロード

$ sudo netdatacli reload-health

再起動要求

Parent(親機)に設定

reboot_required.chart.py使用
1でcritical = 再起動要求

$ cd /etc/netdata/
$ sudo touch health.d/reboot_required.conf
$ sudo ./edit-config health.d/reboot_required.conf

設定

template: reboot_required
on: reboot.required
os: linux
lookup: average -15s max
units: bool
every: 15s
crit: $this > 0.5
info: Reboot Required
to: sysadmin

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

リロード

$ sudo netdatacli reload-health

Email

Email | Learn Netdata

Parent(親機)に設定

$ sudo /etc/netdata/edit-config health_alarm_notify.conf

設定
criticalのみ

sendmail="/usr/bin/msmtp"
SEND_EMAIL="YES"
EMAIL_PLAINTEXT_ONLY="YES"
DEFAULT_RECIPIENT_EMAIL="*****@gmail.com|critical"

保存: Ctrl + o リターン
終了: Ctrl + x

確認

$ sudo su -s /bin/bash netdata
$ /usr/libexec/netdata/plugins.d/alarm-notify.sh test [ROLE]

終了: Ctrl + d

更新履歴

  • 2021.12.24 全体見直し
  • 2021.05.05 設定見直し
  • 2021.03.29 設定見直し
  • 2021.01.03 TN-Grid追加
  • 2020.11.07 Folding@home追加
  • 2020.10.18 World Community Grid追加
  • 2020.05.03 書き直し
  • 2020.04.06 公開